薬師如来坐像
飛鳥時代　木造　彩色　像高110.6センチ　重要文化財

当寺のご本尊で、講堂（兼収蔵庫）にお移しする前は、金堂にご安置していました。完存する飛鳥時代の木彫如来像としては唯一・最大のものといわれています。樟（くす）材の一木造（いちぼくづくり）で、必要に応じて木寄せが行なわれており、内刳りは見られません。頭をまっすぐに起こし、施無畏（せむい）、与願（よがん）の印を結び、二重の宣字形台座の上に懸裳を垂下させて結跏趺坐しておられます。
寺伝で、山背王御一族の現世利益を祈願して鞍部鳥（くらつくりのとり）に造らしめた薬師如来、と伝え、薬壷を持たない古い形式をもっています。面長なお顔、直線的平面的なお体つきなど、一見して止利式の如来像の形を受け継いでいますが、2枚の大衣を重ねる着衣形式やうねりのある二重瞼、一直線に引き結んだ唇、衣文が左右対象性を崩していることなどから、中国の斉周様式の影響が考えられるようです。なお、色鮮やかな光背は後補のものです。
薬師如来は正式には薬師瑠璃光如来といい、その浄土は東方瑠璃光世界です。瑠璃光をもって病苦を癒し、寿命を延ばし、多くの災害を除くなど十二の大願を請願されていますが、特に医薬をもたない人々の救済という点が重視され、平安時代以降、薬壷をもつ像が多く造られています。

虚空蔵菩薩立像
飛鳥時代　木造　彩色　像高175.4センチ　重要文化財

かつては、本尊の薬師如来とともに金堂にご安置していました。寺伝で虚空蔵菩薩（こくうぞうぼさつ）とお呼びしていますが、左手に水瓶をもち、右手は屈臂仰掌しているお姿から、観音菩薩と称すべきでしょう。
本尊の薬師如来と同じく樟の一木造りで、三段葺きの大きな反花の蓮華座の上に、両足をそろえて直立しておられます。内刳りはありませんが、木心部分に空洞状の朽損があり、はじめからそのような材を使用したとも考えられています。体つきは平面的で簡素な肉づけで、側面からみるとやや腹部が前に出ています。一見してそのお姿が法隆寺の百済観音像に似ていますが、顔も脚も大きく、ずんぐりした印象があります。また、本尊の薬師如来と共通するうねりのある二重瞼、一直線に引き結んだ唇、天衣の左右対称性が崩れていることなどから、中国の斉周様式の影響が考えられるようです。
虚空蔵とは、福と智の二蔵の無量なことが大空にも等しく広大無辺であるという意味で、わが国では8世紀頃から信仰されています。この菩薩を念じて求聞持法（ぐもんじほう）という修法を行なうと記憶力が増すと考えられ、また近世に始まる「十三参り」に象徴されるように智恵の仏様として、また丑年、寅年の護り本尊として篤く信仰されています。

十一面観音菩薩立像
平安時代　木造　彩色　像高360.0センチ　重要文化財

講堂の本尊（当寺の本尊は薬師如来）で、4メートル近い大きなお姿を収蔵庫の中央にご安置しています。頭部から台座（請花）までを杉の一材から彫り出し、両肩を接ぎつけています。大きな眼、太い眉、厚い唇の力強いお顔には、平安前期の特色がうかがえますが、全体に穏やかな作風を示しているところから、10世紀頃のものと考えられます。化仏は、宝髻の上に仏面１、地髪の正面に慈悲面3、左側に瞋怒面3、右側に牙上出面3、背後に暴悪大笑面1とあり、右手を長く垂下して左手を屈臂する、十一面観音の一般的なお姿です。光背（板光背）は中世の後補です。かつては初午のお参りが盛んであったと伝えられ、現在も三井の集落の方々による観音講があります。
なおこの十一面観音について、秋艸道人（しゅうそうどうじん／会津八一）の歌が『鹿鳴集』にあり、当寺境内にその歌碑があります。
観音菩薩は、観世音菩薩あるいは観自在菩薩の略です。観世音とは衆生が救いを求める音声を聞くとただちに救済するという意味、観自在とは一切諸法の観察と同様に衆生の救済も自在であるという意味です。救いを求める者に応じて、千変万化の相に変化して救済するということから、ヒンドゥー教の多面像の影響を受け、種々の変化観音（へんげかんのん）が考えられました。十一面観音はその中でも最も古く代表的なお姿といわれています。