山号、寺号には悲しい物語が秘められている。
　この地の豪族小野の真弓長弓（たけゆみ）と養子長麿が未だ若年の聖武天皇に従ってこのあたりで狩猟をした時のこと、森より一羽の怪鳥が飛び立ったのを見て（一説には宇陀地方より怪鳥再々飛来して農作物を荒らす、とある。）親子でこれを追っていたが、はからずも親子相うちになったとか、養子長麿が誤って父真弓をあやめてしまったとかの出来事である。聖武天皇は悼く哀しみを垂れ給い行基菩薩に命じてここに一宇の御堂を建て十一面観音をおまつりになって菩提を弔うと共に自らも仏教に帰依され、この寺を深く信仰なさった。時に神亀５年（７２８年）という。
　桓武天皇の頃、藤原良継が伽藍を中興し丈六の阿弥陀、釈迦、四天王を安置して崇敬され、弘法大師もまたこの地に巡錫の砌、善女龍王を感得されたと伝えられる。その後堀川天皇、伽藍を修復し大般若経六百巻を施入して、世の平安と諸人の快楽（けらく）を祈られた。平安末期・安徳天皇の御代に火災にあったと、東大寺資材帳にみえるのが今に残る唯一の記録である。弘安２年（１２７９年）には現本堂（国宝）が建立されたが時恰も蒙古の来襲で寄進が意の如くならず約６０年間素屋根ですごしたと記事もみえる。
　その後応仁の乱の山名宗全の落人による重宝破壊、織田信長の寺領没収、明治の廃仏毀釈（きしゃく）によって寺運は衰退の一途をたどったが、昭和１０年の大解体修理を経て現在に至っている。